Activitatea de cercetare este deosebit de importantă într-un sistem sustenabil de folosire a resurselor naturale şi conservare a habitatelor. Rezultatele cercetării stau la baza strategiei de funcţionare a sistemului Ecoherba – Bioflora Apuseni. Totodată, ele se folosesc în dezvoltarea anumitor scenarii şi modele după care se ghidează direcţia de acţiune a sistemului.

Activitatea de cercetare a demarat în cadrul Proiectului Apuseni – o șansă pentru Țara Moților şi a continuat în condiţiile Proiectului Arnica (pentru detalii vezi Istoricul sistemului). Aceasta a fost foarte diversă, începând cu studiul condiţiilor socio-economice şi încheind cu analizele în cadrul unor câmpuri experimentale staţionale. Cercetările au continuat în perioada 2009-2012, când cadrele didactice şi doctoranzii disciplinelor de Cultura pajiştilor şi de Ecopratologie au desfăşurat două proiecte de cercetare finanţate de UEFISCDI (uefiscdi.gov.ro), după cum urmează: Conservarea biodiversităţii ecosistemelor de Arnica montana prin folosire sustenabilă (program – PNII, subprogram – Idei – Proiecte PCE, număr proiect – 1485, număr contract – 1099/2009, www.usamvcluj.ro/PNII1099/) şi Noi abordări privind folosirea sustenabilă a pajiştilor secundare în vederea păstrării landşaftului specific(program – PNII, subprogram – Idei – Proiecte PCE, număr proiect – 1501, număr contract – 1090/2009, www.usamvcluj.ro/PNII1090/).

În prezent, cercetarea se realizează pe de-o parte de personalul sistemului, iar pe de altă parte de cadrele didactice de la disciplinele de Cultura pajiştilor și de Ecopratologie, din cadrul Facultăţii de Agricultură din Cluj-Napoca (USAMV Cluj-Napoca).